Wysokość opłaty rocznej z tytułu użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowej może być aktualizowana przez właściwy organ w drodze wypowiedzenia dotychczasowej wysokości opłaty rocznej nie częściej niż raz na trzy lata w przypadku, gdy wartość tej nieruchomości ulegnie zmianie.

Użytkownik wieczysty może żądać od właściwego organu dokonania aktualizacji opłaty rocznej
z tytułu użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowej, jeżeli wartość nieruchomości uległa zmianie, a właściwy organ nie podjął aktualizacji. Doręczenie tego żądania powinno nastąpić
na piśmie do dnia 31 grudnia roku poprzedzającego aktualizację opłaty rocznej.

Jeżeli właściwy organ odmówił aktualizacji opłaty użytkownik wieczysty może, w terminie 30 dni od dnia otrzymania odmowy, skierować sprawę do samorządowego kolegium odwoławczego. Ciężar dowodu, że istnieją przesłanki do aktualizacji opłaty, spoczywa wówczas na użytkowniku

Od orzeczenia samorządowego kolegium odwoławczego właściwy organ lub użytkownik wieczysty mogą wnieść sprzeciw w terminie 14 dni od dnia doręczenia orzeczenia. Wniesienie sprzeciwu jest równoznaczne z żądaniem przekazania sprawy do sądu powszechnego właściwego ze względu na miejsce położenia nieruchomości. W takim przypadku wniosek o zmianę wysokości opłaty rocznej zastępuje pozew.

Istotnym jest, że w razie wniesienia sprzeciwu w terminie, zaskarżone orzeczenie traci moc, nawet, wówczas, gdy sprzeciw odnosi się tylko do części orzeczenia.

Możliwe jest żądanie zmiany opłaty rocznej z tytułu użytkowania wieczystego nieruchomości
z uwagi na trwałą zmianę sposobu korzystania z nieruchomości. Wymagane jest wówczas jednoczesne wykazanie, że doszło do trwałej zmiany sposobu korzystania z nieruchomości, powodującej zmianę celu, na który nieruchomość ta została oddana w użytkowanie wieczyste. Przykładowo można się powołać na zmianą oznaczenia nieruchomości w ewidencji gruntów, zmianę przeznaczenia nieruchomości w miejscowym planie zagospodarowania przestrzennego,
a także na faktyczną realizacją inwestycji, potwierdzającą, iż nastąpiła trwała zmiana sposobu korzystania z nieruchomości.

Natomiast zmiana treści użytkowania wieczystego nieruchomości jest w praktyce bardzo trudna do przeprowadzenia na podstawie obecnie obowiązujących przepisów, ponieważ brak jest właściwe podstaw prawnych, które pozwoliłyby użytkownikowi wieczystemu doprowadzić do zmiany umowy użytkowania wieczystego. Stosunek prawny pomiędzy Skarbem Państwa lub gminą
a użytkownikiem wieczystym ma charakter cywilnoprawny, a więc jego zmiana wymaga zgody obu stron umowy.

Kwestia określania przez czy wójtów bądź burmistrz opłaty za zmianę przeznaczenia gruntu oddanego w użytkowanie wieczyste w drodze zarządzenia budzi duże wątpliwości w orzecznictwie sądów administracyjnych, ponieważ wprost żaden przepis nie przyznaje im takich kompetencji.